基因表达由转录因子（TF）调控，转录因子识别特定的DNA序列基序。研究人员描述了一项系统性工作（“Codebook”），用于测定332个推定性及特征不明人类转录因子的序列特异性。超过4000项独立实验，涵盖多种体外与体内检测，为其中略多于一半（177个；53%）的转录因子产生了基序，且多数仅与单一蛋白相关。这些结果通过约130个不同基序扩展了人类转录因子编码的序列识别词汇。
《自然衰老》：一种普通的糖可以帮助癌细胞挣脱并扩散
Wistar研究所的一项研究发现，果糖这种广泛食用的膳食糖与一种侵袭性卵巢癌的传播之间存在惊人的联系。发表在《自然衰老》杂志上的研究结果表明，化疗后残留的癌细胞可以与附近的肿瘤细胞交流，使它们更容易扩散。
Nature Immunology：组织驻留免疫细胞可能驱动自身免疫性疾病的发展
近日，拉霍亚免疫学研究所 (LJI) 的科学家们分析了128名个体肺部的115万个免疫细胞。这些免疫细胞驻留在肺部，保护机体免受呼吸道感染、疾病甚至肺癌的侵害。他们发现，这些免疫细胞表达了某些与肺部疾病和自身免疫性疾病风险相关的基因。这些基因可能导致组织驻留免疫细胞功能失调，无法预防疾病，甚至主动引发疾病。这项研究成果于8月3日发表在《Nature Immunology》杂志上。
MINK1抑制通过阻止ALDOA S39的磷酸化并重新调控葡萄糖代谢来抑制三阴性乳腺癌
通过对不同乳腺癌亚型的临床样本进行深度磷酸蛋白组学分析，我们发现醛缩酶A的丝氨酸39位点磷酸化是三阴性乳腺癌特有的现象。研究还采用了组织微阵列分析、功能检测、泛素化及蛋白酶体降解检测、葡萄糖代谢检测、TurboID IP–MS技术以及共免疫沉淀实验，来明确ALDOA S39磷酸化的功能作用及其与TRIM25和MINK1之间的调控关系。
酶促糖基化和酰胺化重塑多烯生物活性
研究人员描述了发现和表征以前未描述的多烯途径，包括将糖引入多烯骨架的非典型糖基转移酶（glycosyltransferase, GT）。研究人员还展示了如何扩展酰胺转移酶（amidotransferase）的反应范围，将多烯的有害羧酸取代基转化为其他功能团。引入第二个糖并结合羧酸修饰，可产生更有效的多烯抗真菌药物，具有降低的毒性，并且可通过清洁高效的发酵或酶促途径获得。
癌症相关脂肪细胞的促肿瘤功能依赖于线粒体伴侣肿瘤坏死因子受体相关蛋白1（TRAP1）
肿瘤坏死因子受体相关蛋白1（TRAP1），即HSP90家族的线粒体伴侣，在多种癌细胞中上调，调节线粒体信号和代谢。鉴于CAAs中显著的代谢重编程，研究人员推测TRAP1可能参与该过程。论文发表在《Signal Transduction and Targeted Therapy》。
鹅去氧胆酸通过TGR5依赖的1型树突状细胞交叉呈递抑制肿瘤生长
传统的1型树突状细胞（cDC1s）在启动CD8+ T细胞介导的抗肿瘤免疫中发挥关键作用，其肿瘤内丰度与免疫治疗疗效密切相关。这里，研究人员证明口服给药的鹅去氧胆酸（CDCA），一种临床上批准的代谢调节剂，以代谢物牛磺鹅去氧胆酸（TCDCA）的形式积聚在荷瘤小鼠的肿瘤间质液（TIF）中，从而通过肠道菌群非依赖的机制增强cDC1s和CD8+ T细胞的抗肿瘤功能。
DNA甲基化与RNA甲基化之间的相互作用塑造癌症细胞可塑性
细胞可塑性（cellular plasticity）是指健康细胞在不同表型状态之间转换并改变其特性以维持组织稳态和完整性的能力。表观遗传调控，特别是CpG位点的DNA甲基化（DNA methylation），通过调节染色质可及性抑制分化程序，被公认为肿瘤可塑性的重要驱动因素。最近，RNA修饰（RNA modifications, 表观转录组学）已成为基因表达的关键转录后调控因子，塑造RNA的命运和功能。
亚核基因组区室化调控二价染色质活性
核基因组通过染色质结构域与亚核区室（subnuclear compartments）——包括位于径向周边的核纤层（nuclear lamina，由lamin中间纤维及关联蛋白构成）和核质内的无膜核斑点（nuclear speckles，富集转录调控因子与RNA剪接因子）——形成三维架构。约30–40%人基因组锚定于核纤层形成核纤层关联结构域（lamina-associated domains，LADs），呈低表达；约10–15%基因组环绕核斑点形成核斑点关联结构域（speckle-associated d
